Articles #3: Bifurcational and dynamical analysis of a continuous biofilm reactor
Published on June 28th, 2008.
A nice analysis on biofilms.
M.E. Russo, P.L. Maffettone, A. Marzocchella, P. Salatino, Bifurcational and dynamical analysis of a continuous biofilm reactor, Journal of BiotechnologyVolume 135, Issue 3, , 30 June 2008, Pages 295-303.
A. Marzocchella (mail) is the corresponding author.
Here is the abstract:
A dynamical model of a continuous biofilm reactor is presented. The reactor consists of a three-phase internal loop airlift operated continuously with respect to the liquid and gaseous phases, and batchwise with respect to the immobilized cells. The model has been applied to the conversion of phenol by means of immobilized cells of Pseudomonas sp. OX1 whose metabolic activitywas previously characterized (Viggiani, A., Olivieri, G., Siani, L., Di Donato,A., Marzocchella,A., Salatino, P., Barbieri, P., Galli, E., 2006.An airlift biofilm reactor for the biodegradation of phenol by Pseudomonas stutzeri OX1. Journal of Biotechnology 123, 464–477). The model embodies the key processes relevant to the reactor performance, with a particular emphasis on the role of biofilm detachment promoted by the fluidized state. Results indicate that a finite loading of free cells establishes even under operating conditions that would promote wash out of the suspended biophase. The co-operative/competitive effects of free cells and immobilized biofilm result in rich bifurcational patterns of the steady state solutions of the governing equations, which have been investigated in the phase plane of the process parameters. Direct simulation under selected operating conditions confirms the importance of the dynamical equilibrium establishing between the immobilized and the suspended biophase and highlights the effect of the initial value of the biofilm loading on the dynamical pattern.
Get the article: 
doi:10.1016/j.jbiotec.2008.04.003
If you can’t access the article, drop a comment below…
Filled under English, Scientific Thing. Comments.
Tags: Bifurcation, Biofilm, Computer simulation, Detachment rate, Dynamics, Pseudomonas
Bir Görme Bozukluğu
Published on June 28th, 2008.
Ulus kavramına Nietzsche’in çıkışmasını hatırlıyorum “Ulus, aynı dili konuşan ve aynı gazeteleri okuyan bir grup insandır”. İlk bakışta indirgemeci gibi gözüken, açıklayıcı olmayan ama alaycı bir betimleme ile zihinlerde yeni bir yol açabilecek kadar kuvvetli bir aforizma.
Millet/milliyet kavramlarının tarihin atlasında kendine yer bulması ve bir salgın olarak dünyaya yayılması büyük bir siyasi/ideolojik harekettir. Milleti/milliyeti bahşedilmiş bir kavram ve/veya hediye olarak algılamak, bu kavramın kendisini tarihi ve iktisadi siyaset bağlamından tecrit etmekten öteye gidemez. Bu durumda bir tarihsel olgu olmaktan çıkıp adeta ilahi bir hediyeye dönüşür. Bir ilahi hediyenin yeniden üretilmesi oldukça kolaydır: Sayısız söylence ile palazlandırılan ve sayısız ideolojik aygıt ile ayakta tutulan bir kavram. Bu dar anlam alanında millet kavramını değerlendirmenin varacağı yer billurlaşır ve milliyetçilik olarak belirir. Toplumsal süreçleri bireyler arasındaki ilişkilere ve devinimlere indirgemek, tarihsel sürecinden koparılmış milliyetin bir salgın hastalık gibi bireylere yayılmasının ve bir tapıncak olmaya doğru ilerlemesinin anahtarıdır. Devleti, devlet teorisini milliyet ile bir tutmak, olsa olsa sapla samanı karıştırmaktır, düpedüz cehalettir.
Ulus devlet var olacaksa, olmayan bir ulusu yaratmak zorundadır. Bu ulusu yaratmanın temeli bir örnek bireyler yaratmaktır. Bir örnek kimliği ile coğrafi ve ideolojik sınırlar belirlenecek, bireylerin öznel farklılıklarından düşmanlar yaratılacaktır. İnsanı insan yapan farklılık olgusu dışlanacaktır. Dışlanmış olanlardan ve hali hazırda dışarıda olanlardan, dış mihrak kavramı yaratılacak, her yaraya melhem üretilecektir. Bir örnek kimliği ile esriyen bireyler ise ucu bucağı gözükmeyen hamaset sofralarında karınlarını doyuramağa devam edeceklerdir. Dünya’da ve özelinde Türkiye’de ise bu durum ırkçılıkla iç içe geçmiş, kucak kucağa oturmuş durumdadır. Irkçılık sıkıntısının üzeri de, envai çeşit yorum ile örtülür: x millyetçiliği, y milliyetçiliği… Sonra fikir tartışmaları yaşanır x,y,z… arasında.
Bugün Türkiyeli Türk olmanın sınırı beş aşağı beş yukarı belirlenmiştir. İyi bir sünni müslüman heteroseksüel olmak. Bu kimlik dışında kalanlar daima dışlanacaktır. Hatta sıklıkla hain olarak adlandırılırlar. Türkiyeli Türk olmak; siyasi veya askeri iktidarların şehitleri olmaktır, o sevimsiz sıfatları ve yitip giden canların madalya olup doldurduğu göğüsleri takallus ettirecek bedenler olmaktır; Aleviler’i mum sondücü ve/veya kızılbaş, Kürtler’i bölücü, Kürt Aleviler’i çılgın karışım, Çingeneler’i şopar, bu halklara oranla sindirilmiş olanları Türk’ten başka olan isimler olarak; eşcinselleri, biseksüelleri, travestileri ve transeksüelleri sapık olarak; Rumlar’ı, Yahudiler’i ve Ermeniler’i gayr-i müslimler ya da vatan haini olarak, herhangi bir dine mensup olmayanları kafir olarak tanımlamaktır. Hele ki bu topraklarda kadın olarak var olmak… O’nun yeri bambaşkadır. Kadın olmak; Mussolini’nin Battle of Births‘ünün yerli kahramanları, mutfak ve ev emekçileri, asker doğuranları, erkek cinselliğinin meşrulaştığı cephe çizgisi, tecavüzlere ve enseste ses çıkaramayan milyonlar olmaktır. Dayağı haketmektir, kız olmak zorunnluluğudur, bütün bunlardan kurtulmak için bedenini ve benliğini devlete adamak, kısacası Cumhuriyet Kadını olmaktır (Niçin Cumhuriyet Erkeği yoktur?). Erkek olmak mı? Kınlarının içindeki kılıçlar, muhafazalarının içindeki silahlar olmaktır, milli futbol takımının savaş zaferlerinden sonra kurşun olup havaya saçılmaktır.
Hiç kimse, annesinden ve babasından olmadan önce dilekçe verip onları seçme şansına sahip olmadığından, farklılıkları düşmanlığın sebebi saymak, en hafif ifadeyle bir görme bozukluğudur. Bir örnek kimliğin dayatılması faşizmin ta kendisi, dayatılmış bir kimliği benimsemek de bir akıl tutulmasıdır.
Bir de bonus olarak “millet” kelimesinin etimolojik ve sosyolojik minik öyküsü. Osmanlı’nın ve Osmanlı Türkçe’sinin yaşadığı zamanlarda İslam Milleti olarak tamlama içinde kullanılırdı bu kelime. Kökeni ise Arapça, bir dine veya mezhebe ait olan insanlar, kısacası cemaat demek. Millet, günümüzden bir kaç yüzyıl önce var olmayan, Fransa’dan yayılan “nation” akımının, kuvvetli bir Alman etkisiyle (Nation, “doğum, ırk” anlamına sahip olan Latince “nasci” kelimesinden 14.yy. civarında Anglo-Fransız diline devşirilmiş bir kelimedir.) Yunan ayaklanmasının ardından 19. yy. başlarında Osmanlı’da vücut bulmuş halidir. İslam Milleti kavramından İslam dehlenmiş, ortada kelaynak gibi “millet” bırakılmıştır. Bu anlam değişikliği çağdaş Arapça’ya da ihraç edilmiştir. Yunan Ayaklanması, Türkçülük hareketinin doğumudur. ”Ulus” kelimesine gelince daha hoş ayrıntılar var. Üleştirmek fiilini bilirsiniz, paylaştırmak demek, Öz Türkçe bir kelime. Çok çok eski bir kök üli‘den türeme (8. yy.’a tarihleyen çoktur). Velhasılıkelam, ”üli” gel zaman git zaman Moğol diline yumuşak bir geçiş yapar ve sonuna bir -s eki alır. Moğollar, imparatorluk ailesinin üyeleri arasında pay edilen toprakları veya onlara verilen devletleri betimlemek için “ulus” kelimesini kullanırlar. Moğol siyasetinde kavram sınırları genişleyen “ulus” tekrar Türkçe’ye geçiş yapar ve 14. - 18. yüzyıllar arasında batılıların “Turkoman/Turcoman” tabir ettiği göçmen kavimi, Türkmenler’i tanımlamak için kullanılır. Millete karşılık olarak kullanılması ise millet kelimesinin yaşadığı dönüşümün ardından, 1931 senesinde yapılan “Dil Devrimi”‘nden bu yanadır…
Filled under Political Thing, Türkçe. Comments.
Tags: Millet, Milliyet, Milliyetçilik, Türk, Türkçe, Türkiye
İnternet Gönüllüleri(!)
Published on June 22nd, 2008.
Son derece baskıcı ve kısıtlayıcı olan 5651 sayılı İnternet Kanunu’nun yarattığı sıkıntıyı tartışmak için Abant’da bir toplantı düzenlendi.
Amaç, fikir ve vicdan özgürlüğü önünde engel teşkil eden bu ucube yasayı bir şekilde demokratik yapıya dönüştürmek olarak açıklandı. Katılımcıları ise hukukçular, web sitesi sahipleri, internet kullanıcıları ve bilişim uzmanları olarak duyuruldu (elimde bir liste olmadığından, yorum yapamayacağım).
Bu toplantının düzenlenmesindeki temel sebep, çok büyük kullanıcı kitlesine sahip olan YouTube ve benzeri sitelere erişemeyen insanların duyulan sesi idi. Ancak, gelişigüzel olarak sadece bir kaç şikayetle veya karar veren mahkemenin hakiminin düşünsel ekseni çerçevesinde alınan kararlarla erişimin yasaklandığı bir çok düşünce özgürlüğü platformunun akibeti meçhul. Varsa yoksa YouTube ve Ekşi Sözlük‘ün başına gelenler.
Velhasılıkelam, toplantıdan çıkan sonuca göre, bilişim polisi gibi bir yapı yerine, internette av kovalayacak gönüllüler topluluğunun oluşturulması kararı çıkmış. Çözümün adı da “Zararlı İçerikle Mücadelede İnternet Gönüllüleri İnisiyatifi”.
Bianet’in aktardığı haberde şu satırlar göze çarpıyor:
Ortaklaşılan kriterler arasında en dikkat çeken düzenleme ise “İnternet Gönüllüleri İnisiyatifi”nin kurulması oldu. Bu yöntemle devletlerin, emniyet-istihbarat birimleri aracılığıyla İnternet’te sansür ve kullanıcıları takip etme faaliyetlerini engellemeyi planlanıyor.
Alınan karalar, eski yasanın değişmesi veya kaldırılması için bir karararlar dizisinden ziyade, bu yasanın uygulanmasına yeni bir sistematik öngörüyor. Kurulması planlanan “İnternet Gönüllüleri İnisiyatifi”‘ni yönlendirecek İnternet Kurulu’nun üye sayısı, üyelerin seçim usulleri ve görev süresi, kurulun oluşumu ve çalışma biçimleri, görev ve sorumlulukları Ulaştırma Bakanlığı’nca çıkarılacak ve Resmi Gazete’de yayınlanacak bir yönetmelik ile belirlenmesi kararı ise bu yeni yapılanmanın gelecekteki praxisini gözler önüne sermek için yeterli.
Enegelleme yapılacaksa “nesne tabanlı engelleme yapılsın” temennisi yasaya girsen bile, yasanın yorumlanmasında, değerini yitirecek bir öneridir.
Kısaca, bu toplantı yeni bir ucube doğurmuştur. Özet bildirisi yerine “Sansüre Devam Edeceğiz” cümlesi yazılsa yeterliydi. Özgür bir internet yakın gelecekte çok zor gözüküyor….
Bianet’in NTVMSNBC’den derlediği haber.
Filled under Internet Thing, Political Thing, Türkçe. Comments.
Tags: 5651 sayılı kanun, Abant Toplantısı, İnternet Sansürü, Sansür
Special Issue on Downstream Processing of Chemical Engineering & Technology:
Published on June 22nd, 2008.
Wiley published a special issue of Chemical Engineering & Technology journal as topical edition of downstream processesing of biotechnological producs (Issue Edited by Erwin Flaschel). It presents some focal aspects which are currently important, addressing novel products, or dealing with novel engineering strategies. Download the article package.
Table of Contents:
Cover Picture Bromo Seltzer © PhotoDisc/Getty Images (Chem. Eng. Technol. 6/2008) (p NA)
Can we expect a breakthrough in downstream processing of biotechnological products in the near future? (p 809)
Erwin Flaschel
DOI: 10.1002/ceat.200890024
Purification of Bionanoparticles (p 815-825)
L. Pedro, S. S. Soares, G. N. M. Ferreira
DOI: 10.1002/ceat.200800176
New Developments in Simulated Moving Bed Chromatography (p 826-837)
A. Seidel-Morgenstern, L. C. Keßler, M. Kaspereit
DOI: 10.1002/ceat.200800081
Extraction and Purification of Bioproducts and Nanoparticles using Aqueous Two-Phase Systems Strategies (p 838-845)
J. Benavides, O. Aguilar, B. H. Lapizco-Encinas, M. Rito-Palomares
DOI: 10.1002/ceat.200800068
Downstream Processing: From Egg to Cell Culture-Derived Influenza Virus Particles (p 846-857)
M. W. Wolff, U. Reichl
DOI: 10.1002/ceat.200800118
Downstream Processing of Plasmid DNA for Gene Therapy and Genetic Vaccination (p 858-863)
C. Voß
DOI: 10.1002/ceat.200800069
A Review of the Thermodynamics of Protein Association to Ligands, Protein Adsorption, and Adsorption Isotherms (p 864-874)
J. M. Mollerup
DOI: 10.1002/ceat.200800082
Designing Robust Preparative Purification Processes with High Performance (p 875-882)
M. Degerman, N. Jakobsson, B. Nilsson
DOI: 10.1002/ceat.200800097
Evaluation of a Sugarcane Bagasse Acid Hydrolysis Technology (p 883-892)
F. de Ávila Rodrigues, R. Guirardello
DOI: 10.1002/ceat.200700454
High Throughput Screening for the Design and Optimization of Chromatographic Processes - Miniaturization, Automation and Parallelization of Breakthrough and Elution Studies (p 893-903)
M. Wiendahl, P. Schulze Wierling, J. Nielsen, D. Fomsgaard Christensen, J. Krarup, A. Staby, J. Hubbuch
DOI: 10.1002/ceat.200800167
A Highly Efficient Procedure for the Extraction of Soluble Proteins from Bacterial Cells with Mild Chaotropic Solutions (p 904-910)
V. N. Danilevich, L. E. Petrovskaya, E. V. Grishin
DOI: 10.1002/ceat.200800024
Crystalline Proteins as an Alternative to Standard Formulations (p 911-916)
D. Hekmat, D. Hebel, D. Weuster-Botz
DOI: 10.1002/ceat.200800038
Comment on Aspects of Chitosan Preparation (p 917-921)
S. E. S. Leonhardt, B. Ondruschka, J. Ondruschka
DOI: 10.1002/ceat.20080007
Separation and Purification of bgr-Carotene from Chlorophyll Factory Residues (p 922-927)
M. Huang, Y.-J. Xu, Q.-L. Lv, Q.-L. Ren
DOI: 10.1002/ceat.200800039
Filled under Scientific Thing, Türkçe. Comments.
Tags: Chemical engineering, Chemical Engineering & Technology, Downstream Processing, Erwin Flaschel, Special Issue
Silverlight ve Masaüstü Yayıncılık
Published on June 19th, 2008.
Silverlight, Microsoft‘un Adobe‘nin Flash‘ına karşılık geliştirdiği; ses/video, animasyon ve bir dizi uygulamayı destekleyen bir web tarayıcısı eklentisi.
Bilindiği üzere Microsoft, Silverlight‘ı yakın zamanda 2008 Pekin Olimpiyatları ile internetin gündemine oturtmayı planlıyor. Bunu da olimpiyat müsabakalarını internet üzerinden canlı aktararak yapmayı planlıyor. Yakın zamanda ise Hollanda’nın devlet televevizyonu NOS ile bu alanda ortak bir çalışma yaptılar. Euro 2008′in bütün maçları NOS’un http://ek2008.nos.nl sitesinden Hollanda içine canlı HD(imsi) olarak veriliyor. Tabii ki DRM korumalı. DRM’in “özgürlüğü” defettiği dünya’ya yeni bir katkı daha. Türkiye dışından ulaşmanın mümkün olmadığı ancak, ulaşanların aktardığı kadarı ile TTNetVideo gibi acayiplikler göreceğimizin habercisidir.
DRM ile fena halde kafayı bozmuş kurumlar için (Türk Telekom‘a selam), Windows Media Player‘ın sunduğu fırsatları sunuyor ancak bir farkla. Bu sefer Microsoft, 10GB büyüklüğe kadar kendi sunucularında bedava barındırma hizmeti sunuyor. Negzel! Silverlight, şu an için sadece Windows ve Mac sistemlerde kullanılabiliyor ancak Mono projesi kapsamında Moonlight ismi Linux’a da port edilecek (alfa sürümünü deneyebilirsiniz).
Flash gibi neredeyse bütün dünya bilgisayarlarına yayılmayı başarabilecek mi? Bilmiyorum ancak DRM ile kendimi kısıtlanmak istemiyorum.
NOS ile Microsoft ortalıklığının ürününün videosunu ilgi çekici bulabilirsiniz.
Filled under DarkSide Thing, Türkçe. Comments.
Tags: Adobe, Adobe Flash Player, microsoft, NOS, Silverlight
